Hace 10 años, el Patronato de Panamá Viejo contempló la creación de un nuevo museo en el conjunto monumental que permitiera una mejor comprensión de las dimensiones, la historia y la vida de quienes habitaron ese espacio por más de mil años.
Fue en 2009 cuando se concibió el proyecto y a partir de allí se desarrolló el diseño conceptual de la obra por el arquitecto Félix Durán, la preparación de los planos de anteproyecto y se efectuaron las consultas al Centro de Patrimonio Mundial de Unesco. Esto último trajo como consecuencia que debieran reubicar el edificio para alejarlo de la Torre de la Catedral y así no arriesgar la permanencia conjunta de Panamá Viejo y Casco Antiguo en la lista de Patrimonio Mundial.
Luego de tener los planos listos y resueltas las dudas, el Patronato convocó a un concurso privado de precios para seleccionar al contratista. Una comisión integrada por distintos profesionales de arqueología, arquitectura, economía, finanzas y leyes, seleccionó a un consorcio español.
El 1 de abril de 2013 se le entregó la orden de proceder al consorcio y la obra debió haberse terminado en septiembre de 2014. Al año siguiente, y ante el evidente atraso, se procedió a los trámites que permitían suspender la construcción y ejecutar la fianza.
Para enero de 2015, el Patronato retomó la construcción del museo, esta vez con la contratación de empresas panameñas. La obra culminó a mediados de 2016 y se dio inicio al proceso de creación de la nueva exhibición: ‘Panamá Viejo: donde la ciudad inició’.
El costo aproximado de la obra fue de 2 millones 700 mil balboas, de los que 500 mil (capital semilla) fueron donados por ciudadanos, empresas privadas e instituciones gubernamentales. El resto del dinero fue aportado por el Estado, a través de la señoreaje que anualmente recibe el Patronato de la acuñación de la colección de monedas de 50 centavos de circulación corriente alusivas al Conjunto Monumental de Panamá Viejo, y que circulan desde 2010 y se extiende hasta 2019, cuando se cumplan los 500 años de la fundación de la ciudad.