La importancia de los humedales reside en que son ecosistemas con gran diversidad biológica, reguladores del ciclo del agua y del clima, generadores de recursos hídricos para abastecimiento de agua dulce, para el control de inundaciones y sequías, en la provisión de agua y como refugio de vida silvestre y constituyen zonas de uso para actividades humanas como el turismo y la pesca.
 
El Alcalde José Blandón señaló que “la Alcaldía de Panamá ha estado trabajando desde un punto de vista más abarcador, no solo con el área protegida sino en relación con toda el área de la Bahía y el humedal y en ese sentido se ha avanzado con el apoyo de la Embajada de los Países Bajos un acuerdo para realizar un diagnóstico del área en función de la distintas obras y el impacto que han ocasionado obras como el Corredor y las urbanizaciones sobre los humedales”.

Algunos indicadores de afectaciones por desastres naturales, principalmente inundaciones, advierten que desde 1990 al 2009, 45,983 personas y 9,847 viviendas se vieron afectadas en los corregimientos de Juan Díaz, Tocumen y Pacora. Los Humedales de la Bahía han sido acorralados por alrededor de 21 proyectos (9 en construcción) que se desarrollan dentro y cerca de sus límites.